La conservación de la Berenjena de Almagro y la diversidad existente en la misma es necesaria, ya que se trata de una variedad con unas características únicas, constituye un material genético de gran utilidad para futuras mejoras de la Berenjena de Almagro o de otras berenjenas, y forma parte del patrimonio cultural y etnobotánico de la comarca del Campo de Calatrava.
La conservación de la berenjena de Almagro puede llevarse a cabo mediante estrategias de conservación ex situ e in situ, las cuales pueden ser complementarias.
La conservación ex situ consiste en la conservación de semillas en bancos o en colecciones de germoplasma y la forma más cómoda es la conservación de semilla a baja humedad y temperaturas frías. Mediante la utilización de semilla desecada con gel de sílice y conservación a temperaturas de -18 ºC la longevidad de la semilla de muchas hortalizas, incluyendo la Berenjena de Almagro, es de centenares de años. De esta forma, es posible, con un costo muy reducido conservar la semilla durante largos periodos con un coste relativamente bajo.
Otra alternativa más casera es conservar la semilla desecada de forma natural (en ambientes ventilados y secos evitando la exposición directa al sol) en frascos herméticos en nevera (4 ºC) o también en sobres de papel o bolsas de tela en neveras que mantengan bajos niveles de humedad (neveras “no-frost”). De esta forma, también se puede conseguir una longevidad de decenas de años de las semillas. La conservación in situ consiste en la conservación de las distintas variedades mediante la utilización por parte de los agricultores, en el cual cada agricultor conserva sus propias semillas, con lo cual se puede conservar una parte importante de la diversidad en el campo mediante su utilización.
Por otra parte, para conservar la integridad genética de la Berenjena de Almagro es necesario evitar la contaminación genética con otras variedades, que puede producirse bien por mezcla de semillas o por cruzamientos ocasionales con otras variedades cultivadas en las cercanías de los campos de Berenjena de Almagro.
Estos cruzamientos pueden ser llevados a cabo por abejas, abejorros u otros polinizadores. Para ello, es conveniente producir la semilla en condiciones estrictamente controladas y en parcelas en las que no existan plantas de berenjena de otras variedades en las cercanías.